红莲岛作为口袋妖怪火红中后期的重要区域，隐藏着多处值得探索的宝藏地点。首先需要明确的是，红莲岛大宅内部结构复杂，包含多个楼层和隐藏房间。在宝可梦大宅一层可以获取月之石、穿洞绳、蛋白药剂和补碳药剂，这些道具对队伍培养具有实用价值。二层藏有补锌药剂、补钙药剂和HP提升剂，三层则放置了全满药水、补铁药剂和神奇糖果。需这些道具分布在不同的房间角落，探索时需仔细搜索每个区域。
红莲岛左下方的宝可梦实验室是另一个关键地点。研究与发展办公室可以学习招式挥指功，聊天室则提供化石复活服务。实验室会客室支持特定宝可梦交换，需要持有雷丘或毛球才能触发交换事件。实验室区域还连接着红莲道馆，战胜馆主夏伯后不仅能获得深红徽章，还可得到技能机TM38大字爆。道馆内分布着七位训练师，挑战他们可获得额外经验值。
双子岛作为通往红莲岛的必经之路，本身也蕴藏丰富资源。岛屿负一层能拾取更生剂和水之石，负二层可获得大珍珠，负三层藏有金色珠。急冻鸟栖息在双子岛最深处，捕捉前需要将岩石推至特定位置以改变水流。20号航道连接着双子岛与红莲岛，该区域可遇到十二位训练师，击败后能获得经验值和道具奖励，其中星球之砂是较有价值的收集品。
红莲镇周边水域分布着多种水系宝可梦，21号航道的草丛可能出现蔓藤怪，冲浪时可遇见玛瑙水母。使用钓竿在不同水域垂钓，可能钓到墨海马、暴鲤龙等稀有宝可梦。19号和20号航道的垂钓点产出不同等级的水系宝可梦，包括可达鸭、哥达鸭等进化形态。这些地点不仅是收集图鉴的关键区域，也能为队伍补充强力的水系战力。
红莲岛的整体探索需要结合多种秘传技能，包括冲浪、居合斩和怪力等。岛内建筑存在大量互动元素，如宝可梦大宅的石像机关需要按顺序激活才能获取钥匙。实验室的化石复活系统需要携带特定化石才能使用，不同化石复活的宝可梦种类各异。道馆挑战前建议充分准备水系或地面系宝可梦，以应对馆主的火系阵容。
