可进行角色变身的机制主要分为三类：基础忍术变身、咒印/尾兽化形态以及特殊活动玩法。超过20名角色拥有变身能力，包括鸣人、佐助、君麻吕等核心人物，其变身效果涵盖外观改变、技能强化及属性提升。游戏内变身通常需要消耗特定道具或满足战斗条件，例如鸣人的九尾模式需积攒查克拉，而佐助的咒印形态则依赖剧情解锁。
基础忍术变身是游戏中最普遍的机制，涉及角色如鸣人、佐助、小樱等。这类变身通过结印触发，结印顺序遵循原作设定，例如分身之术需完成未-巳-寅三印。手游版本中，玩家需在忍者界面选择目标角色，点击右下角变身按钮并消耗变身卡，变身后角色仅改变外观不影响战力。部分格斗游戏如究极风暴系列，则通过组合键实现即时变身，例如PC版按住回车键可切换角色至状态2。
咒印与尾兽化属于高阶变身形态，代表角色包括君麻吕（地之咒印）、重吾（自然能量吸收）以及所有人柱力。这类变身会显著提升攻击范围与伤害值，但存在时间限制或副作用。以火影忍者OL为例，秽土转生系列角色需通过赛季通行证解锁，百机蝎等SS级忍者变身需消耗特殊道具。咒印变身往往伴随骨骼异化或翅膀生长等特征，这在究极风暴4的终结谷战役中通过特效精准还原。
特殊活动玩法如脸谱变变变提供了创意变身体验。该模式通过收集脸谱碎片合成完整脸谱，可解锁非原作角色的变身形态，例如鬼灯幻月或金角银角。每张脸谱对应独特技能组合，需根据关卡需求调整搭配。在手游版本中，此活动每周限时开放，变身持续20小时且需组队完成指定任务。该玩法平均可提升玩家15%的通关效率。
游戏平衡性设计上，变身系统存在明确克制关系。例如雷遁技能可克制水月的水化变身，而仙术攻击对咒印形态有额外伤害加成。开发者通过设定变身冷却时间（通常30-60秒）和查克拉消耗量（平均占总量的40%）维持对战公平性。部分版本如MUGEN火影忍者还加入了觉醒机制，角色10级后可通过培养界面进行永久属性强化，这属于变身的进阶形态。
玩家需注意不同游戏版本的变身规则差异。主机版究极风暴系列允许战斗中自由切换形态，而手游更多采用资源消耗制。建议优先培养拥有多段变身的角色如鸣人（九尾模式+六道模式），并合理分配觉醒材料。官方不定期推出的无差别忍者格斗大赛中，变身时机的把控常成为胜负关键点，这要求玩家熟练掌握各形态的技能衔接与取消机制。
