开启千门虚舟秘境的核心在于完成前置任务并破解两处一笔画机关。首先需确保已完成神樱大祓任务中的荒海部分，这是解锁恒常机关阵列传送点的必要条件。在荒海大祓区域旁存在雷立方机关，通过击打使五个雷立方的花瓣面朝向同一方向，第一层水位下降，随后需找到第二处雷立方机关重复相同操作使水位完全退去。水位退尽后开启控制机关，恒常机关阵列附近的空气墙将消失。
后续需前往恒常机关阵列后方区域，此处存在两个关键的一笔画机关解谜。第一个机关需从起点出发不重复地踩亮所有石板，特别注意发蓝光的石板必须最后触发。第二个机关解法类似但路径更复杂，建议先沿外围石板行走再转向内部。完成这两处解谜后，秘境巨石会自动炸裂，千门虚舟的入口将从地面升起。部分玩家可能因未完全退去水位或遗漏前置任务导致机关无法交互，需重新确认任务进度。
关于传送点的解锁细节，从刃连岛的黑洞跃迁可直接抵达恒常机关阵列附近，但需先完成荒海地区的雷立方解谜。在荒海地下区域还存在隐藏的古老石板与小狐狸雕像，使用留念镜扫描雕像可获得额外奖励，但这些收集要素不影响秘境开启。部分攻略提到藤条攀爬路线，实际这是解锁后的捷径而非必经之路。
部分玩家反映在解谜过程中遇到机关不响应的情况，这通常由于未完全清除空气墙或解谜顺序错误。建议遇到问题时退出联机模式重新进入，机关会重置初始状态。千门虚舟作为一次性奖励副本，其开启机制相比战斗更侧重逻辑解谜，正确理解机关运作规律后难度会显著降低。后续探索中还可获得宝箱与神瞳等收集品，但需注意这些属于额外内容。
